Osmanlı İmparatorluğu döneminde İstanbul’da yaşayan Bulgar toplumu, ibadetini 19. yüzyıl ortalarına kadar Rum Ortodoks Kilisesi’ne bağlı kiliselerde sürdürüyordu. Ancak Patrikhane’nin bu dönemde Bulgarları Rumlaştırma politikasına yönelmesi üzerine, bu yaklaşıma karşı olan Bulgarlar kendilerine ait ayrı bir kilise kurmaya karar verdiler. Sultan Abdülaziz’e sundukları talep kabul edilince, 11 Mart 1870 tarihli Eksarhlık Fermanı’yla Fener Rum Patrikliği bünyesinde kalacak fakat içişlerinde özerk olacak Bulgar Eksarhlığı resmen kuruldu.

Tarihçiler tarafından Bulgaristan’ın bağımsızlığına giden yolda önemli bir aşama olarak kabul edilen bu kararın ardından, eksarhanenin tesisi için Bulgarların yoğun olarak yaşadığı Ortaköy seçildi. Nitekim Abdülaziz’in izniyle Şubat-Mart 1972’de yapılan ve Vidin Metropoliti Antim’in seçildiği ilk Eksarh seçimi de yine Ortaköy’de gerçekleşmişti. Palanga Caddesi üzerinden Ortaköy’e doğru inerken, eski adıyla Sütçü, günümüzdeki adıyla Aladoğan Sokak’ın girişinde sol kolda bulunan Portakaloğlu Bahçesi adlı arazi ve içindeki dört katlı bina, seçimlerin ardından 22 Temmuz 1872 tarihli iradeyle Eksarhane Dairesi olarak faaliyete girdi.

1893’te gerçekleşen deprem Ortaköy’deki bu binada hasara yol açtı. Ayrıca bu mevkiinin devlet dairelerine de uzaklığı nedeniyle, Eksarhane Dairesi’nin Taksim veya Pangaltı civarında yeni bir binaya taşınması kararlaştırıldı. Yapılan araştırmalar sonunda birkaç mekan tespit edilse de, Eksarhane Dairesi 1906 sonuna kadar Ortaköy’de çalışmaya devam etti. Ardından Eksarh Yosif’in Şişli’de satın aldığı binaya nakloldu. Bulgar Eksarhlığı’nın ilk binası ise bir süre sonra cemaat tarafından satılarak öğrenci yurduna dönüştürüldü.

Aşkın Koyuncu, Bulgar Eksarhlığı (Yüksek Lisans Tezi, TC Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü, 1998).